HIT je v drvivej vačšine spôsobená porchou enzýmu DAO deaminooxidázy v stene čreva. Okrem tejto poruchy enzýmu, teda  enzymopathie, sú však často prítomné aj iné enzymopathie, teda nedostatočné fungovanie iných enzýmov. Najčastejšou poruchou je porucha laktázy, enzýmu potrebného na trávenie laktózy, mliečneho cukru. 

Aká je dlhodobá perspektíva HIT ? to záleží od prístupu k liečbe, buď sme zameraní len na čo najnižší príjem histamínu, alebo sa sústredíme na snahu o regeneráciu funkcie deaminooxidázy...